辅仁大学的专业设置涵盖了多个学科领域，具体包括：

文学院

中国文学系

外国语文学院（包括英国语文学系、德语语文学系、法语语文学系等）

历史学系

哲学系

应用美术学系

景观设计学系

意大利语文学系

艺术学院（包括音乐学系、西班牙语文学系、应用美术学系等）

日本语文学系

织品设计学系

传播学院

影像传播学系

新闻传播学系

广告传播学系

民生学院

儿童与家庭学系

餐旅管理学系

法学院

法律学系

商学院

金融与国际企业

企业管理

会计学

医学院

医学

护理学

工程学院

电子工程技术

建筑工程技术

计算机科学

数控技术应用

汽车运行与维护

航空服务

电子电气工程专业

数据科学与人工智能专业

其他专业

老年服务与管理

计算机应用

电子商务

高速列车乘务

机场安检

汽车车身修理

视觉传达设计

神学

新闻学

体育

公共行政

非营利组织管理

社会工作

辅仁大学在文科领域尤为出名，尤其是文法商学方面，其世界排名大约在500-1000区间。该校与淡江大学、东海大学并列为台湾仅有的曾入选“世界大学500强”的私立大学。