高三机构不让开学的原因是多方面的，主要包括以下几点：

疫情防控：

高三学生面临高考，疫情之下，培训机构很难做到防疫到位。学校一般有成熟的防疫体系和充足的防疫物资，而培训机构以盈利为目的，可能无法做到同样严格的防疫措施。此外，培训机构无法实现封闭式管理，每天接触很多陌生人，存在较大的疫情传播风险。

教学质量和管理体系：

学校有悠久的办学历史和强大的管理体系，能够确保教学质量和学生的安全。而培训机构大多成立时间较短，内部管理体系不成熟，人员流动性大，素质参差不齐，难以保证教学质量。

学生安全和健康：

高三学生时间宝贵，需要高效的学习计划。培训机构的课程安排可能无法保证学生的学习效果，且存在过重的课业负担，影响学生的身心健康和全面发展。

教育资源均衡：

限制培训机构的开设可以减少教育资源的不均衡现象，确保每个学生都能获得公平的教育机会。

政策执行：

一些地方的教育部门在政策执行上存在“一刀切”的情况，未能区分“违规补课”与“正常开学”的界限，导致高三培训机构无法正常开学。

社会利益链：

有知情人士透露，部分培训机构通过伪装家长举报学校补课，以争夺寒假黄金期的生源。这种做法不仅增加了家庭的经济负担，还可能对学生的升学前途造成影响。

综上所述，高三机构不让开学的原因主要是基于疫情防控、教学质量和管理体系、学生安全和健康、教育资源均衡、政策执行以及社会利益链等多方面的考虑。建议相关部门在制定和执行政策时，能够充分考虑高三学生的特殊需求，做到既保障学生的安全，又满足他们的学习需求。