施工企业预交所得税的方法如下：

总分机构体制的跨地区经营建筑企业

跨地区项目部预缴：由总机构按月或按季向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。预缴比例为项目实际经营收入的0.2%。

二级或二级以下分支机构管理项目部：不就地预缴企业所得税，汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构预缴企业所得税。

总机构汇总计算：总机构汇总计算企业应纳所得税，扣除已由项目部预缴的部分后，按照余额在总机构所在地缴纳。

账务处理

预缴税款：借：应交税费—应交企业所得税，贷：银行存款。

年度汇算清缴：在年度汇算清缴时，将跨地区预缴的企业所得税与每月/每季度预缴的企业所得税合计填列在年度已缴税额栏次中。

异地预缴与抵减

季度预缴所得税抵减：允许抵减已经异地预缴的金额。

跨地区项目部的税务处理：项目部的财务数据由总部统一核算，并由总部负责开具发票和报税。项目部的收入、成本等由总部统一计算应纳税所得额。

其他注意事项

不同地区税务局规定：部分税务局可能允许减去分包款，因此不同地区的纳税人需要咨询当地税务局。

申报流程：通过电子税务局或税务大厅进行预缴企业所得税的申报和缴纳。

建议施工企业在实际操作中，严格按照上述规定进行税务预缴，并注意与当地税务机关的沟通，确保税务处理的准确性和合规性。