深水淤泥层填土施工的方法主要包括以下几种：

桩基法：

适用于淤泥层较厚的情况，通过打桩的方式进行加固。这种方法技术要求较高，价格昂贵，且由于复杂的工程情况，桩基础往往无法达到理想的传力效果。

换土法：

适用于淤泥层厚度较薄的情况，将淤泥挖掉，然后填上水泥土、灰土等持力效果较好的土层，并进行夯实。这种方法通常用在建筑修建前，后期发生沉降进行地基加固时用的比较少。

加筋法：

将合成材料埋在淤泥地的土层中，使土和加筋材料形成一个整体，以增强整体的稳定性。

降水施工方案：

在整理淤泥前，需要考虑降雨的处理方案。基坑坡顶宜比周边略高，以免外围雨水流入坑内。基坑土方施工分层开挖，并每层土先布置集水井抽水，抽水到位后方可开挖，开挖深度以不出现地表水为宜。在基坑四周设置环状排水沟，基坑内根据施工时现场水量情况，适当设置纵、横向排水沟。

分区域、分层施工：

在地质条件复杂的区域，如深中通道S03标东人工岛，采用分区域、分层施工的方法，通过研发的分砂装置、砂被等技术措施，提高施工效率，解决快速筑岛易出现的拱淤、翻涌现象，满足既有桥梁变形控制的高要求。

水下回填：

在桥下回填区域采取“砂被+运砂船+泵砂船+分砂装置”的施工方式进行水下回填，按照“横桥向左右两侧对称回填、回填时先内后外、内高外低、分层、对称、均匀”的控制原则，平衡保护桩内外应力差，达到回填施工对既有桥梁变形控制的目的。

泵砂船回填：

在其他回填区域，首先采用泵砂船回填1m覆盖住淤泥层，再使用皮带运砂船+泵砂船进行坡肩阶梯式对称分层回填。

根据具体的工程情况和淤泥层的厚度，可以选择合适的填土施工方法，以确保施工的安全和质量。