机构函授在性质、职责、收费、直管部门等方面存在一些区别：

性质不同

函授站：是高校授权招生点，通常位于地级市或个别市县，直属高校管理，提供学历教育。

机构：通常是中介或函授站的代理，不一定有办学资质，可能涉及专业培训。

职责不同

函授站：负责招生、录取、信息采集、毕业等。

机构：可能只负责招生，不一定涉及教学管理。

收费不同

函授站：按照高校统一标准收费，通常透明。

机构：可能存在乱收费现象，收费可能不如函授站透明。

直管部门不同

函授站：由高校和教育局直接管理，具有办学资质证明。

机构：一般由市场监督管理局或工商局管理，没有办学资质。

选择函授站还是教育机构进行学习时，应考虑其性质、职责、收费透明度及直管部门等因素，以确保自己的权益不受损害。