大学军训未参加的主要后果包括：

学分缺失：

军训通常作为大学的一门独立学分，未参加则意味着失去这一学分。一些学校允许在第二年申请与新生一起补训以获得该学分。

处分：

若情节严重，可能会受到学校的处分，从警告至严重警告不等。

毕业影响：

未参加军训可能会对毕业造成影响，具体程度因学校而异。一些学校规定，未参加军训的学生可能无法顺利毕业，需要延迟毕业或采取其他补救措施。

其他后果：

某些特殊情况下，如身体原因无法参加军训，学生需持有医生证明并经学校批准。若未经批准而逃避军训，可能会受到更严重的处分。

综上所述，大学军训未参加会对学生的学业和毕业产生负面影响。建议学生尽可能参加军训，如有特殊情况，应提前与学校沟通并按照规定办理请假手续。