惠州学院在收取学费时的会计分录需要根据不同的阶段进行不同的处理：

收到学费时

财务会计分录：借：银行存款，贷：应交财政款。

预算会计分录：无分录。

上缴财政时

财务会计分录：借：应交财政款，贷：银行存款。

预算会计分录：无分录。

收到财政部门返还的学费收入时

财务会计分录：借：零余额账户用款额度，贷：事业收入。

预算会计分录：借：资金结存—零余额账户用款额度，贷：事业预算收入。

这些分录确保了学费收入的准确记录和财政的合规性。建议学校在实际操作中严格按照这些分录进行记账，并在收到财政部门返还的学费收入时，及时进行相应的账务处理。