南京有多家航空公司，以下是一些在南京有基地或业务的航空公司：

1.  中国国际航空股份有限公司南京营业部：国航在南京设有分公司。

2.  中国东方航空江苏有限公司：东航在南京设有江苏分公司。

3.  中国南方航空：南航在南京设有分公司或基地。

4.  深圳航空江苏分公司：深航在南京设有分公司。

5.  中国邮政货运航空公司：中邮航在南京设有基地。

6.  吉祥航空：吉祥航空在南京设有基地。

7.  龙江航空：南京首个本土航空公司，主运营基地为哈尔滨太平国际机场，但于2021年迁至南京溧水区。

建议您根据具体需求和航班安排选择合适的航空公司。