三墩地区拥有多所高等教育机构，其中包括：

浙江大学紫金港校区：

浙江大学的一个主要校区，位于杭州市西湖区三墩镇。

杭州师范大学钱江学院：

位于杭州市三墩镇，提供包括会计在内的多个专业教育。

浙江长征职业技术学院：

位于杭州市三墩镇，以会计专业为特色，注重实践操作。

浙江金融职业学院：

虽然不位于三墩镇，但距离较近，以会计专业的高知名度和强师资队伍著称。

三墩职业技术学校：

也被称为浙江大学，是一所历史悠久的全国重点大学，属于211和985工程重点建设高校。

浙江广播电视大学：

提供多种教育形式，包括自考等。

交通职业技术学院：

未来计划在三墩附近建立新校区。

杭州师范学院附属中学：

提供中等教育。

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