招生对象不同

参加函授本科的考生必须年满18周岁，如果选择专升本，考生必须取得国家承认的专科学历才有报考资格。只要是中国合法的公民都可以报考自考本科，没有年龄、学历、种族等的限制，只要在申请本科毕业前，取得国家承认的专科学历即可。

考试方式不同

现在一般所说的函授本科指的是成教本科。学生只有通过国家统一的成人高考考试，才能入学就读。自考本科没有入学考试，报名之后就可以入学就读。

考试时间不同

函授本科全国统一的招生入学考试一般安排在10月，一年仅有一次考试的机会。自考本科是每年在4月和10月考试，有的地区是1月、4月、7月、10月四次考试，有的地区是1月、4月、10月三次考试。各省地区的考试时间规定是不同的。