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南京医科大学在全国双一流大学中排名第104位.根据校友会公布的2022-2024中国双一流大学排名榜单参考数据，南京医科大学被校友会评为中国高水平大学。在校友会2025双一流大学排名榜单中星级4★，排名第104。在校友会2024双一流大学排名榜单中星级4★，排名第104。
| 排名年份 | 全国排名 | 学校名称 | 星级 | 类型 | 办学层次 | 发布机构 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2025 | 104 | 南京医科大学 | 4★ | 双一流大学 | 中国高水平大学 | 校友会 |
| 2024 | 104 | 南京医科大学 | 4★ | 双一流大学 | 中国高水平大学 | 校友会 |
