当施工单位遇到阻挠施工并造成损失时，可以采取以下步骤进行起诉：

收集证据

阻挠施工的现场照片、视频。

相关人员的证言。

其他能够证明阻挠施工事实的材料。

确定被告

明确是哪些人或单位实施了阻挠施工的行为。

起草起诉状

明确诉讼请求，如要求排除妨碍、赔偿损失等。

详细陈述阻挠施工的经过及造成的损失。

提供原被告的基本信息。

提交起诉状及证据

将准备好的起诉状及相关证据提交给有管辖权的法院，通常是施工所在地的基层人民法院。

法院审理

法院在受理案件后，会按照法定程序进行审理，包括开庭审理、双方举证质证等环节。

法院会根据查明的事实和法律规定，作出相应的判决，维护当事人的合法权益。

执行判决

如果法院判决支持原告的诉讼请求，施工单位可以依据判决结果要求对方停止阻挠行为并赔偿损失。

如果对方不履行判决，施工单位可以申请法院强制执行。

建议施工单位在起诉前咨询专业律师，了解诉讼的可能结果和风险，以确保自身权益得到最大程度的保护。