武汉最早的高等学府可以追溯到1893年，由湖广总督张之洞奏请清政府创办的自强学堂。这所学堂是武汉大学的前身，也是中国最早的高等学府之一。

随后，在1898年，张之洞又创办了湖北农务学堂，这后来成为华中农业大学的前身。

1902年，自强学堂更名为方言学堂，后因多种因素停办。1903年，在方言学堂的基础上建立了国立武昌高等师范学校，这是武汉大学早期的一个重要阶段。

1923年，国立武昌高等师范学校改名为国立武昌师范大学。

1928年，经过一系列演变和发展，学校最终定名为国立武汉大学，成为近代中国第一批国立大学。

因此，武汉最早的高等学府是武汉大学，其前身自强学堂成立于1893年。其他早期的大学如华中农业大学和武汉科技大学，其前身也分别成立于1898年和1899年。