北京十一学校虽然有一些优势，但也存在一些弊端，主要包括：

资源消耗大

教学模式需要大量的教学资源，包括教师、时间、场地和设备等，这可能导致其他教育资源的不足，影响其他教育活动的开展。

实施难度大

需要教师和学生具有较强的自主性和合作精神，学生需要具备一定的自主学习能力和研究能力，实施难度较大。

教育质量不均

由于强调自主学习和多元化教学，教育质量可能存在不均现象。有些学生可能因缺乏教师指导或自主管理能力而学习效果不佳，而有些学生则可能因自主学习能力强或团队领导力突出而获得更好的学习效果。

管理严格

采取走班制，虽然可以选择自己喜欢的科目学习，但这种方式不适合自学能力差的学生，对于需要被老师和家长督促着学习的学生需要考虑。

学风问题

学风较差，浮夸，有经验的老师相继离开，学校老师乱改成绩，因此有负面评价。

压力较大

尽管学校环境很好，升学率高，但实际学习压力较大，走班制导致学生一天内需要走很多步，且导师组的学习压力也较大。

时间管理困难

课间时间最短十分钟，如果上一节是体育课，还得大老远跑回教学楼，时间管理较为困难。

综上所述，北京十一学校在提供丰富教育资源和学习机会的同时，也存在一些需要改进的地方，如资源分配不均、管理严格、学风问题等。建议学校进一步改善教学资源分配，加强学生自主学习能力的培养，同时关注学生的心理健康和压力管理。