滑铁卢大学共有六个学院，分别是：

文学院 （Faculty of Arts）

包括会计和金融管理、计算与财务管理、经济学、全球商务和数字媒体等专业。

工程学院 （Faculty of Engineering）

包括化学工程、土木工程、计算机工程、电子工程、环境工程、机械工程、纳米技术工程等。

数学院 （Faculty of Mathematics）

包括应用数学、计算数学、数学物理、统计、数学金融、计算机科学、精算等专业。

理学院 （Faculty of Science）

包括环境科学、生命科学、物理学、荣誉科学、科学与航空等专业。

环境学院 （Faculty of Environmental Studies）

包括环境与资源研究、地理与航空、地理与环境管理、测绘学、规划等专业。

应用健康科学学院 （Faculty of Applied Health Science）

包括健康研究、人体运动学、娱乐与企业、娱乐与闲暇研究、娱乐治疗等专业。

此外，滑铁卢大学还有其他教学单位，如研究生院、药剂学、眼科视光学和社会工作等研究中心