重庆药学自考学位的申请流程如下：

申请条件

自学考试本科毕业，且公共课（包括政治理论课和外语）、专业课、专业基础课考试以及毕业论文考核平均成绩优良者。

平时成绩平均分不低于65-72分。

毕业论文良或优。

通过国家统一组织的重庆自考学位英语考试。

重庆自考学士学位可在毕业后一年内申请。

申请时间

一般在发毕业证的同时（3月初）向当地教育考试院或自学考试办公室提出申请。

申请资料

填写学士学位表一式2份，交近期2寸免冠照片一张。

提交高等教育自学考试本科毕业证书、毕业论文原件及论文成绩单、身份证复印件、照片等材料。

在学位申报系统中上传电子版相片（要求为180×240像素的蓝底JPG文件）。